Trong cơ chế tài chính hiện nay của PVN có nhiều đặc thù, trong đó có lương nhân viên với chế độ riêng cao hơn nhiều tập đoàn khác. Nhưng trong văn bản mới đây gửi Bộ trưởng Bộ Tài chính Vương Đình Huệ, PVN cho biết: cán bộ biệt phái của PVN làm việc tại các dự án ở nước ngoài còn được PVN chi trả cả tiền thuê nhà nước sở tại, phí hành lý quá cước, học phí cho con đi học và một khoản gọi là “trợ cấp một lần khi chuyển sang nước sở tại”…
PVN lại đề xuất Bộ Tài chính cho phép các cán bộ của mình được miễn không phải nộp thuế thu nhập cá nhân với các khoản tiền lớn trên, gồm cả tiền thuê nhà nước sở tại, phí hành lý quá cước, học phí cho con và trợ cấp một lần. Đặc biệt, trong thời gian luật pháp chưa thay đổi, PVN còn đề nghị cho phép PVN được trả thay phần thuế này cho cán bộ công nhân viên và khoản trả thay này được tính vào chi phí hợp lý của doanh nghiệp (được trừ trước khi xác định số thuế phải nộp – PV).
Là tập đoàn lớn, PVN còn có nhiều chế độ khác cho cán bộ, nhân viên. Cụ thể, PVN đã cử nhiều cán bộ, nhân viên đi học nước ngoài và dùng quỹ đào tạo để chi học bổng cho nhân viên. Đến ngày 31-8-2012, Cục Thuế TP.HCM đã phát hiện và ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính, trong đó truy thu thuế thu nhập cá nhân với nhân viên đi học tại nước ngoài được PVN chi tiền học bổng.
Ngoài ra, theo kết luận thanh tra của Thanh tra Chính phủ, PVN đã ứng vốn cho một số tỉnh thành như Sóc Trăng, Hà Tĩnh, Quảng Bình, Hậu Giang để các tỉnh thành này giải phóng mặt bằng mà không có chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ. Công nhận và dẫn kết luận này, PVN cho biết tổng số tiền tập đoàn này đã bỏ ra ứng cho các địa phương vay tính đến ngày 30-6-2012 đã lên tới trên 2.900 tỉ đồng, trong đó Thanh Hóa được nhiều nhất, tới trên 1.300 tỉ đồng, Bộ Giao thông vận tải cũng được ứng trên 96 tỉ đồng… Sau đó PVN đề nghị Bộ Tài chính cần… hỗ trợ, bố trí vốn để Bộ Giao thông vận tải và các địa phương… hoàn trả tiền cho PVN.
Chưa hết, Cục Thuế Bà Rịa – Vũng Tàu vừa có kết luận truy thu thuế giá trị gia tăng với số tiền lên đến trên 23 tỉ đồng với Công ty Cần ống khoan dầu khí VN. Nêu một số quy định, PVN cũng đề nghị không truy thu nữa…