Theo ông Liên, để đảm bảo công bằng, nên thu phí qua xăng dầu hoặc các trạm thu phí như thông lệ quốc tế.
Bên cạnh đó, chủ tịch Hiệp hội Vận tải TP Hà Nội đề nghị các cơ quan trên xem xét một số vấn đề liên quan đến việc thu, quản lý, sử dụng Quỹ bảo trì đường bộ như: Quỹ bảo trì đường bộ nên nộp vào ngân sách, Nhà nước thống nhất quản lý và phân bổ theo Luật ngân sách (như tiền phạt hành chính giao thông đường bộ).
Đồng thời, ông Liên cũng kiến nghị không nên để bộ trưởng Bộ GTVT làm chủ tịch Hội đồng quỹ trung ương, không thành lập các hội đồng quản lý quỹ từ trung ương đến địa phương vì sẽ tăng thêm khoảng 400 định viên, có tư cách pháp nhân, có tài khoản riêng, theo đó là chi phí văn phòng, hành chính, phương tiện đi lại, tiền lương, tiền thù lao, làm tiêu hao đồng tiền của nhân dân đóng góp và không minh bạch.
Ông Liên cũng kiến nghị nên để Bộ Tài chính làm cơ quan chủ quản thu, phương án thu, quản lý và hạch toán riêng, cân đối và phân bổ lại cho Bộ GTVT và các địa phương. Đồng thời không nên để Cục Đăng kiểm Việt Nam thu phí sử dụng đường bộ theo đầu phương tiện.
