Trong đó, các cơ quan chức năng thuộc UBND TP Hà Nội đã tính toán và phê duyệt tiền sử dụng đất, quyết định tạm thu, tạm nộp không đúng quy định tại 4 dự án thuộc tỉnh Hà Tây cũ với số tiền hơn 2.893 tỷ đồng.
Theo Thanh tra Chính phủ, tình hình vi phạm quy hoạch, tăng số tầng, tăng mật độ xây dựng, sai thiết kế mẫu đã và đang diễn ra phổ biến như ở khu đô thị mới Văn Quán, Văn Phú, khu nhà ở Xa La, khu nhà ở và dịch vụ thương mại Nàng Hương, khu đô thị mới xã Cổ Nhuế, Từ Liêm; khu nhà ở công cộng tại xã Cổ Nhuế, các dự án xây dựng nhà ở để bán tại xã Trung Văn, Đông Ngạc, Cầu Diễn, huyện Từ Liêm, khu đô thị mới Pháp Vân – Tứ Hiệp…
Thanh tra Chính phủ đã kiến nghị thu hồi nộp về ngân sách số tiền sử dụng đất còn tồn đọng lên tới 2.574 tỷ đồng; tiền phạt chậm nộp sử dụng đất lên 1.880 tỷ đồng; các khoản do kê khai, tính toán, phê duyệt tiền sử dụng đất, cho phép thu tiền hạ tầng chưa đúng quy định 5.345 tỷ đồng.
Về tổng số tiền yêu cầu thu hồi lên tới 9.800 tỷ đồng, Phó Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc giao Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ TN-MT và UBND TP Hà Nội kiểm tra, rà soát, tính toán cụ thể đảm bảo đúng quy định, có biện pháp thu hồi triệt để; báo cáo Thủ tướng kết quả thực hiện trong quý 1 năm 2013.
Ngoài ra, qua thanh tra một số dự án, nhất là các dự án ở tỉnh Hà Tây (cũ) và Hòa Bình (phần sáp nhập vào Hà Nội), do chưa phù hợp với định hướng quy hoạch xây dựng Hà Nội, UBND thành phố Hà Nội đã phải cho dừng triển khai thực hiện 192/398 đồ án quy hoạch (bằng 48%) với tổng diện tích gần 19.608 ha để rà soát, xử lý cho phù hợp với quy hoạch chung thành phố mới được Thủ tướng phê duyệt tháng 7/2011.
Điều này, theo văn bản kết luận thanh tra đã gây nhiều khó khăn cho cuộc sống người dân trong vùng quy hoạch, đình trệ việc thực hiện các dự án đã được giao đất và tiềm ấn các nguyên nhân dẫn đến khiếu kiện.